昨今、一部の外航機が単独又は複数機でログインし
こちらの指示やcontactmeを一切無視しながら、フライトを
続ける例が散見されます。

またコンタクトをして管制の指示をリードバックをする
ものの結局指示を無視して勝手なフライトをするパイロットも
います。

このようなパイロットがログインして自らの空域に
入ってきた場合どのように対応すれば良いのでしょうか？

ログインしているSUPに通報してください。
VATSIMのルールに沿ってそれなりのペナルティが与えられます。